Boisdeffres flittigste periode var mellem 1878 og 1888. I det første år af denne periode komponerede han Marche religieuse op. 14 for orkester, som blev opført af Concerts Colonne ensemblet; To år senere blev hans pastorale for orkester også opført. I 80'erne modtog han Prix Chartier udstedt af Académie des Beaux-Arts for hans kammerværker.

Boisdeffre komponerede hovedsagelig kammermusik (60 stykker af hans værker er i denne genre), men form og besætning var meget varierede. Komponisten gav dem ofte ukonventionelle titler. Han komponerede også mange sange, klaverstykker samt koraler og religiøse værker, blandt dem Messe de Notre Dame de Sion op. 47.